W jamie ustnej bytują różne mikroorganizmy, w tym bakterie – korzystne dla zdrowia, ale i patogenne, które powodują próchnicę, zapalne choroby dziąseł i przyzębia oraz śluzówki. Drobnoustroje te w zdrowej jamie ustnej pozostają w równowadze kontrolowanej przez szczepy dla nas korzystne.

Z badań wynika, że mikrobiota jamy ustnej znajdująca się w stanie równowagi odgrywa ważną rolę w utrzymaniu odpowiedniego zdrowia nie tylko w obrębie samej jamy ustnej, ale również i zdrowia ogólnoustrojowego. Kiedy równowaga mikrobiomu jamy ustnej zostaje zaburzona, zanika ochrona przed inwazją patogennych organizmów i rozwijają się choroby jamy ustnej oraz układowe.

Każdy z nas ma ogromny wpływ na kształtowanie mikrobioty jamy ustnej – odkryto bowiem, że różne gatunki bakterii pojawiają się w jamie ustnej w zależności od warunków środowiskowych, jakie zapewnia gospodarz. Fundamentalne znaczenie ma tutaj dieta człowieka, ponieważ może ona powodować wzrost konkretnych drobnoustrojów, sprzyjając, lub nie, równowadze mikrobioty jamy ustnej.