W gabinecie stomatologicznym wykorzystuje się najczęściej sterylizację parą wodną, sterylizację na sucho, z wykorzystaniem ciśnienia i środków chemicznych bądź tlenku etylenu.

Sterylizacja parą wodną odbywa się w autoklawie. Jest to niezawodny i skuteczny sposób sterylizacji narzędzi stomatologicznych, który szybko zabija bakterie i inne mikroorganizmy. Wymagany czas sterylizacji w temperaturze 121° C i przy ciśnieniu 15 PSI (1,032 bara) wynosi 15 minut. Do wad sterylizacji w autoklawie należy tępienie wierteł i ostrych narzędzi ze stali węglowej oraz ich rdzewienie.

Sterylizacja suchym gorącym powietrzem wymaga zastosowania wyższych temperatur (160-190° C) i dłuższego czasu trwania – 60-120 minut w zależności od typu sterylizatora (na powietrze nieruchome bądź z wymuszonym obiegiem). W tych warunkach nie można, niestety, sterylizować płynów oraz narzędzi mających rękojeści wrażliwe na ciepło ani przedmiotów mogących ulec uszkodzeniu w wysokich temperaturach.

Sterylizacja chemiczna parowa podobna jest do autoklawowania, ale wykorzystuje się tutaj specjalny roztwór chemiczny zawierający formaldehyd, etanol, aceton, wodę i inne alkohole. Odbywa się w temperaturze 132° C przy ciśnieniu 20 PSI (1,38 bara) i przez 30 minut. Niedogodnością jest nieprzyjemny zapach oparów, możliwość uszkodzenia przedmiotów z materiałów wrażliwych na działanie wyższej temperatury oraz niemożność sterylizacji płynów.

Tlenek etylenu zalecany jest do sterylizacji delikatnych materiałów i złożonych instrumentów, ponieważ nie powoduje korozji, ma wysoką zdolność penetracji i działanie zabójcze dla bakterii, zarodników grzybów i wirusów. Wady tej metody to wysoki koszt, toksyczność gazu, a także jego łatwopalność i ryzyko eksplozji.