Nie zawsze interpretacja własna firmy przepisów o zwolnieniu z podatku VAT jest uznana za organ fiskalny za właściwą. Przykładem jest spółka z Gdańska zajmująca się sprzedażą wyrobów medycznych i produktów leczniczych, która jednocześnie działa jako dystrybutor testu diagnostycznego dla stomatologów. Spółka zawarła umowę z niemieckim laboratorium analitycznym na wytworzenie testu, a następnie odsprzedawała dentystom w kraju materiały potrzebne do pobrania próbek do badań. Niemieckie laboratorium wystawiało faktury na badania dla spółki, a ta następnie refakturowała je na rzecz stomatologów, będąc jednocześnie przekonaną, że ma prawo do korzystania ze zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 19a ustawy o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 ze zm.). Ograny fiskalne uznały jednak, że firma musi podatek płacić. Izba Skarbowa w Gdańsku oceniła, że niemieckie laboratorium analityczne nie jest wpisane, zgodnie z ustawą o działalności leczniczej (t.j. Dz. U. z 2013 r. poz. 217 ze zm.), do rejestru podmiotów leczniczych, a więc nie może być za taki podmiot uznane.

Spółka nie zgodziła się z tą interpretacją i sprawa trafiła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, z argumentacją, że „nie można twierdzić, iż tylko przedsiębiorcy mający siedzibę na terytorium Polski mogą być uznani za podmioty lecznicze i tylko usługi przez nich świadczone mogą korzystać ze zwolnienia z VAT” („Dziennik Gazeta Prawna”, wydanie z dnia 2.09.2014 r.). WSA zgodził się ze spółką, że niemieckie laboratorium nie musi być wpisane na listę podmiotów leczniczych w Polsce i można uznać, że zajmuje się działalnością leczniczą, ale uznał też, że spółka nie może skorzystać ze zwolnienia z VAT, ponieważ dotyczy ono podmiotów, które we własnym zakresie zapewniają usługę preferencyjną. W tym natomiast przypadku mamy do czynienia z usługą handlową polegającą na odsprzedaży testu. Ta kategoria usług pod zwolnienie nie podlega.

Złożoną przez spółkę kasację do NSA sąd oddalił, uzasadniając wyrok tym, że podstawowe znaczenie dla zwolnienia, z którego chciała skorzystać firma, ma to, kim jest osoba trzecia, na rzecz której nabywane są usługi medyczne. Preferencja przewidziana w art. 43 ust. 1 pkt 19a obejmuje tylko świadczenia kupowane na rzecz pacjentów.

Źródło: „Dziennik Gazeta Prawna”