Najbardziej skuteczne i dogłębnie przebadane zabiegi i terapie zapobiegające próchnicy obejmują fluor jako składnik aktywny. Pierwiastek ten wciąż pozostaje złotym standardem w profilaktyce próchnicy i jest fundamentalnym elementem kompleksowej opieki stomatologicznej. Jego zastosowanie jest obecnie bardzo różnorodne, a ponieważ był szeroko badany przez wiele lat, wykazano, że korzyści z jego stosowania znacznie przewyższają ryzyko. Obecnie wiemy, że fluor pomaga remineralizować obszary szkliwa i zębiny, które wcześniej dentyści mogli tylko obserwować pod kątem potencjalnego postępu próchnicy. Stosowany miejscowo może doprowadzić do zatrzymania lub opóźnienia wczesnej próchnicy. Naukowo dowiedziono też, że fluor potrafi hamować wzrost bakterii wywołujących próchnicę poprzez skuteczne hamowanie enzymu enolazy, który znajduje się w komórkach tych drobnoustrojów. W rezultacie zmniejszona liczba bakterii wywołujących próchnicę pomaga spowolnić demineralizację zębów i – ostatecznie – próchnicę.

Stomatolodzy mogą wspomagać zapobieganie próchnicy poprzez stosowanie lakierów fluorkowych w gabinecie, przepisywanie płynów do płukania jamy ustnej z fluorem lub wydając leczniczą pastę do zębów z fluorem. Dzięki temu pomagają zatrzymać istniejące zmiany i zapobiec przyszłej próchnicy.