Próchnica zębów, choć często kojarzona z widocznymi uszkodzeniami szkliwa, może rozwijać się najpierw od środka zęba. Wskutek tego ubytek na powierzchni stanie się widoczny dopiero wtedy, gdy środek zęba będzie już zniszczony. Dzieje się tak, gdy w początkowej fazie próchnicy kwasy produkowane przez bakterie najpierw uszkadzają podpowierzchniowe warstwy zęba. Wskutek tego w tym obszarze tworzy się zmiana próchnicowa, natomiast ząb na pozór pozostaje nienaruszony, gdyż proces ten nie od razu niszczy zewnętrzną warstwę szkliwa. Struktura mineralnej powłoki zęba zaczyna być jednak z czasem coraz słabsza i w rezultacie może dojść do załamania powierzchni zęba i odsłonięcia ubytku tkanek w jego wnętrzu.

Podpowierzchniowy rozwój próchnicy wynika ze specyficznej struktury zęba. Jego zewnętrzna warstwa, czyli szkliwo, jest bardzo twarda i odporna, ale jednocześnie może działać jak bariera ochronna, spowalniająca uwidacznianie się zewnętrznych oznak próchnicy rozwijającej się w bardziej miękkiej zębinie zlokalizowanej pod szkliwem. Ponadto zębina jest mniej odporna na kwasy bakteryjne, dlatego demineralizuje się szybciej niż szkliwo. To powoduje tworzenie się ubytku pod powierzchnią zęba.