Obecnie wiemy, że w jamie ustnej bytuje kilkaset szczepów bakteryjnych. Nie wszystkie z nich są patogenne i powodują próchnicę czy zapalenia dziąseł, gdyż w jamie ustnej istnieją też szczepy probiotyczne, które zmniejszają poziom patogenów w tym obszarze ciała, a przez to hamują powstawanie próchnicy. Szczepy probiotyczne zmniejszają też ilość bakterii, które mogą powodować nieświeży oddech. Z tych względów w zastosowaniu probiotyków upatruje się alternatywnego sposobu na zapewnienie opieki stomatologicznej i zachowanie zdrowia jamy ustnej. Coraz głośniej wybrzmiewa też stwierdzenie, że probiotyki stanowią niezbędne uzupełnienie trzech dotychczas stosowanych filarów profilaktyki stomatologicznej, czyli szczotkowania zębów, nitkowania zębów i wykorzystania środków zawierających fluor.

Gdy metody profilaktyczne zawodzą, schorzenia jamy ustnej muszą być leczone. W tak zwanej stomatologii reaktywnej od wielu dekad wykorzystuje się do tego celu m.in. kiretaż, skaling, wypełnienia dentystyczne i – w uzasadnionych przypadkach – podawanie antybiotyków. Teraz uważa się, że do tej listy dołączyć powinny probiotyki.