Śluzówka jamy ustnej pełni między innymi funkcję obronną, wykorzystując do zabezpieczenia tkanek przed działalnością patogenów mechanizmy obronne nieswoiste i swoiste.

Do nieswoistych mechanizmów obronnych należą:

• nienaruszona ciągłość błony śluzowej jamy ustnej, co stanowi barierę mechaniczną dla drobnoustrojów;

• wydzielanie śliny – patogeny są spłukiwane z powierzchni śluzówki jamy ustnej;

• ciała buforowe, dzięki którym zmienia się odczyn śliny; mają one także zdolności immunomodulujące;

• aktywne białka – mucyny wychwytują drobnoustroje i łączą je większe kompleksy, dzięki czemu łatwiej można patogeny połknąć, a kiedy trafią one do żołądka, ulegną w nim denaturacji; białka te również utrudniają przyczepianie się bakterii do tkanek. Lizozym wykazuje silne działanie bakterio-, wiruso- i grzybobójcze. Laktoferyna to białko, które wiąże żelazo i blokuje dzięki temu wzrost drobnoustrojów, natomiast apolaktoferyna działa bakteriobójczo w środowisku tlenowym na najgroźniejszego wroga zdrowia szkliwa, czyli bakterie Streptococcus mutans. Układ sialoperoksydazowy to kompleks enzymatyczny występujący w ślinie, który działa bakteriobójczo, wykorzystując reakcje utleniania. Histatyny mają właściwości bakteriobójcze i bakteriostatyczne oraz regulują ilość drożdżaków w jamie ustnej. Stateryna zapobiega odkładaniu się kamienia nazębnego. Z kolei bakteriocyny hamują syntezę DNA, RNA i białek u bakterii, co zakłóca ich metabolizm.

W obronie swoistej biorą udział immunoglobuliny, czyli przeciwciała, na czele z immunoglobuliną IgA, która produkowana jest głównie w śliniankach przyusznych.