Stany zapalne śluzówki jamy ustnej mogą być powodowane przez wiele różnych czynników działających miejscowo lub ogólnoustrojowo. Nieprawidłowości te mogą mieć również charakter idiopatyczny, czyli ich przyczyna może być nieznana. Zmiany w obrębie błony śluzowej jamy ustnej mogą mieć charakter dermatoz, aft, infekcji grzybiczych, zmian wywołanych przez zakażenie bakteriami bądź wirusami. Mogą być również związane z alergiczną reakcją organizmu czy schorzeniami ogólnymi, takimi jak choroba Leśniowskiego-Crohna, nowotwory, zaburzenia w układzie odpornościowym.

Ponieważ zapalenia śluzówki jamy ustnej mogą mieć różne pochodzenie i różny charakter, dentysta podczas badania – zarówno w przypadku ostrych, jak i przewlekłych nieprawidłowości zdrowotnych w tym obszarze – musi wykluczyć istnienie chorób ogólnych, infekcyjnych, nowotworów i stanów przednowotworowych. Stomatolog podczas badania kontrolnego lub w trakcie wywiadu medycznego przed wizytą związaną z leczeniem lub ekstrakcją zębów po zauważeniu stanów zapalnych w obrębie błony śluzowej jamy ustnej może pogłębić wywiad i zapytać o istniejące lub przebyte choroby, skłonność do alergii, a nawet o zwyczaje dietetyczne lub zaburzenie łaknienia, ponieważ niedobory żywieniowe, a także bulimia lub anoreksja także mogą negatywnie wpływać na stan śluzówki jamy ustnej.