Używanie ruchomych protez stomatologicznych powoduje, że w jamie ustnej pojawiają się niefizjologiczne warunki. Wskutek tego dochodzi do stomatopatii protetycznych, czyli patologicznych zmian na śluzówce jamy ustnej powstałych w wyniku kontaktu elementów uzupełnienia protetycznego z tkankami jamy ustnej. Są one częstsze u starszych osób.

Stomatopatie pojawiają się, gdyż wskutek używania protezy zmniejsza się dostęp śliny do tkanek, a to utrudnia samooczyszczanie się śluzówki jamy ustnej – szczególnie w obszarach położonych pod płytą protezy. Im bardziej rozbudowana jest płyta protezy, tym większe jest prawdopodobieństwo urazu mechanicznego tkanek. Płyta protezy blokuje także dostęp tlenu do tkanek. Jeśli do tego dołożymy zaniedbania higieniczne samego uzupełnienia a także zębów, które pozostały w jamie ustnej, całodobowe korzystanie z uzupełnień protetycznych, niewłaściwe przechowywanie uzupełnień na czas snu użytkownika, nietrudno o zakażenie i rozwój stanów zapalnych w obrębie śluzówki jamy ustnej. Trzeba pamiętać, że nawet najbardziej gładka powierzchnia protezy posiada mikropory bądź mikrowgłębienia, w których mogą zalegać resztki pokarmowe i w których mogą namnażać się patogenne bakterie i grzyby.

Powstawaniu stomatologii protetycznych sprzyjają również niedobory witaminowe i żywieniowe, spadki odporności, choroby współistniejące (cukrzyca, choroba refluksowa, nowotwory, nadciśnienie tętnicze, AIDS).