Wyniki najnowszych badań wskazują na to, że próchnica nie jest spowodowana jedynie przez pojedyncze gatunki bakterii, takie jak Streptococcus mutans, ale raczej przez zaburzenie równowagi całego mikrobiomu jamy ustnej. Zaburzenie tej równowagi nazywane jest dysbiozą i wiąże się ze zmianami w składzie i funkcjonowaniu mikrobiomu. Prowadzi to do wzrostu bakterii kwasotwórczych i kwasolubnych, które powodują demineralizację szkliwa.
Dla rozwoju próchnicy istotna jest też rola biofilmu, który w jamie ustnej tworzą bakterie i resztki pokarmowe. Biofilm jest bardziej odporny na działanie środków czyszczących i mechanicznych niż pojedyncze bakterie, a jego struktura i funkcja okazują się kluczowe dla rozwoju próchnicy.

Potwierdzono, że zmiany w biofilmie mogą sprzyjać jego patogeniczności. Zmiany te powodowane są w głównej mierze dietą. Badania wskazują na szczególną rolę sacharozy i jej zdolność do tworzenia lepkich struktur, które przyczyniają się do przylegania bakterii do powierzchni zębów i sprzyjają tworzeniu bardziej patogennego biofilmu. Z kolei polifenole, na przykład zawarte w zielonej herbacie, mogą hamować rozwój bakterii próchnicotwórczych.