Próchnica zębów to choroba wieloczynnikowa. Mają na nią wpływ elementy genetyczne, mikrobiologiczne, socjodemograficzne. Jednak niezależnie od przyczyny niszczenie zębów zawsze zachodzi wskutek jednego mechanizmu: demineralizacji szkliwa powodowanej przez kwaśne produkty uboczne metabolizmu drobnoustrojów zasiedlających jamę ustną.

Coraz więcej badań wskazuje na fakt, że osobniczą, warunkowaną genetycznie podatność na próchnicę modyfikują nie tylko środowiskowe czynniki ryzyka, ale również bakterie i inne drobnoustroje jamy ustnej. Co istotne – dotyczy to również pojawienia się próchnicy we wczesnym dzieciństwie.

Wyniki badań wskazują na to, że do rozwoju zmian próchniczych już u małych dzieci przyczynia się dysbioza ekologiczna w ich mikrobiomie jamy ustnej. Zauważono, że mikrobiom śliny dzieci poniżej drugiego roku życia może wskazywać z dużym prawdopodobieństwem na wystąpienie w przyszłości próchnicy wczesnego dzieciństwa – stąd mikroflora jamy ustnej małych dzieci może być miarodajnym wskaźnikiem zagrożenia próchnicą; i to jeszcze zanim w ślinie wykryte zostaną bakterie Streptococcus mutans, uznawane za główny czynnik mikrobiologiczny próchnicy wczesnego dzieciństwa.