Choć najczęściej wydaje się, że śluzówka jamy ustnej pełni tylko i wyłącznie rolę wyściółki obszaru oralnego, to przypisano jej również wiele innych funkcji – często odmiennych w zależności od lokalizacji w jamie ustnej.

Ważna jest funkcja osłaniająca – błona śluzowa w sposób mechaniczny chroni przed wnikaniem patogenów, ponieważ nabłonek tworzący śluzówkę stanowi fizyczną barierę nieprzenikliwą dla wielu drobnoustrojów. Ponadto stałe rogowacenie powierzchni powłoki nabłonkowej powoduje, że w zewnętrznych warstwach śluzówka jamy ustnej jest również odporna na działanie czynników chemicznych, mechanicznych i innych. Z rogowaceniem i złuszczaniem się komórek nabłonka wiąże się funkcja odnawiająca, dzięki której śluzówka jamy ustnej pozostaje w korzystnym dla pełnienia innych swoich funkcji wieku biologicznym.

Istotna jest też funkcja obronna śluzówki, ponieważ komórki prezentujące antygeny i limfocyty biorą udział w ochronie odpornościowej przed patogenami, a dzięki wydzielanej ślinie do obrony włączają się lizozym i immunoglobulina A.

Śluzówka jamy ustnej pełni też funkcję smakową dzięki zlokalizowaniu głównie na powierzchni języka kubków smakowych, w których znajdują się komórki odbierające smak kwaśny, słony, gorzki, słodki i umami (mięsny).

Błona śluzowa jamy ustnej pełni też funkcję resorpcyjną, a dzięki jej cienkości, dobremu unaczynieniu i dobrej przepuszczalności w niektórych obszarach możliwe jest podanie leków podjęzykowo. Również funkcja czuciowa – dzięki receptorom dotyku, ucisku, bólu i temperatury – oraz funkcja wydzielnicza – dzięki obecności gruczołów ślinowych – są ważne dla zachowania równowagi w jamie ustnej i – pośrednio – również w całym organizmie.