Niektóre wady zgryzu, takie jak: nadzgryz, zgryz głęboki całkowity, rozszczep podniebienia oraz niektóre postacie tyłozgryzów, są dziedziczne. Inne powodowane mogą być przez czynniki niegenowe działające w okresie prenatalnym, który ma kluczowe znaczenie dla prawidłowego rozwoju dziecka. Wady zgryzu niedziedziczne spowodowane mogą być przez nieprawidłowe ułożenie zarodka w łonie matki lub też przez urazy mechaniczne, jakim uległa ciężarna. Również spożywanie alkoholu i palenie papierosów podczas ciąży mogą doprowadzić do powstania rozszczepów warg i podniebienia. Podobne działanie na zarodek wykazuje promieniowanie jonizujące, rentgenowskie i ultrafioletowe. Z kolei monotonna dieta czy nawracające wymioty w ciąży mogą doprowadzić do niedoborów witaminowych, co może być niebezpieczne dla formowania się tkanek w okresie zarodkowym. Przykładowo niedobór witaminy D powoduje zaburzenia w budowie tkanek twardych zęba i kości przyzębia.

Przebyte przez matkę infekcje wirusowe do trzeciego miesiąca ciąży mogą natomiast doprowadzić do zaburzeń wzrostu i rozwoju twarzowej części czaszki. Szczególnie niebezpieczne są: różyczka, grypa, ospa wietrzna, półpasiec oraz opryszczka. Podobny wpływ wywierają choroby pierwotniakowe, takie jak toksoplazmoza, jedna z zoonoz, czyli chorób odzwierzęcych. Z tego powodu, jeśli w domu razem z ciężarną przebywa pies lub kot, warto dbać o odrobaczenie zwierzęcia.

Wady zgryzu mogą wystąpić również w okresie okołoporodowym. Użycie kleszczy porodowych może prowadzić do uszkodzenia stawu skroniowo-żuchwowego, a także do późniejszego zahamowania wzrostu żuchwy.