Jedną z najczęstszych zmian występujących w jamie ustnej dziecka, są afty. Występują w postaci niewielkich nadżerek, najczęściej na wargach, błonie śluzowej policzków czy języku. Wyglądem przypominają lekko różową plamę, pokrytą białym nalotem i wypełnioną płynem. Do przyczyn ich powstawania należą czynniki takie, jak infekcje wirusowe, bakteryjne, urazy mechaniczne. Powodem powstawania aft mogą być również zaburzenia wchłaniania, niedobory witamin i minerałów takich, jak: żelazo, kwas foliowy czy witaminy z grupy B.

Kolejną chorobą dotykającą dzieci jest zapalenie jamy ustnej. Wiąże się z występowaniem reakcji alergicznych organizmu na substancje zawarte w spożywanych produktach, Często alergie pojawiają się po spożyciu owoców cytrusowych, cynamonu, soków. Stany zapalne w jamie ustnej mogą też być odpowiedzią na składniki past do zębów. Objawy występują najczęściej po 12-48 godzinach od kontaktu z produktem powodującym alergię. Są to bolesne i zaczerwienione plamy, niekiedy łączące się z wykwitami nadżerkowymi. Występują na błonie śluzowej policzków i bocznych powierzchniach języka. Niekiedy zmiany zapalne mogą występować również w obrębie tkanek zęba.

Dzieciom w wieku 6-13 lat bardzo często towarzyszy próchnica, spowodowana złymi nawykami żywieniowymi oraz złą higieną jamy ustnej.