Bakterie odpowiedzialne za infekcyjne zapalenie wsierdzia to paciorkowce, które lokują się w kieszonkach zębowych. W trakcie wykonywania zabiegów stomatologicznych dochodzi do przerwania ciągłości tkankowej, a w sprzyjających warunkach może dojść do przedostania się drobnoustrojów do krwiobiegu.
Zapalenie wsierdzia będące skutkiem leczenia stomatologicznego występuje stosunkowo rzadko i najczęściej dotyka pacjentów z wrodzonymi wadami serca, u których występuje podatność zastawek na zakażenia bakteryjne. Przebieg choroby jest ciężki, dlatego zalicza się ją do jednych z najpoważniejszych powikłań, jakie mogą wystąpić po leczeniu stomatologicznym.

Do zakażenia dochodzi w wyniku przerwania ciągłości śluzówki jamy ustnej i przedostania się drobnoustrojów do krwiobiegu. Jedak nie każde naruszenie ciągłości tkankowej kończy się zapaleniem wsierdzia. Aby doszło do rozwoju tego powikłania, konieczne jest nałożenie się kilku czynników sprzyjających, takich jak: zły stan zastawek, choroby współistniejące, zły stan higieniczny jamy ustnej oraz zapalenia w obrębie jamy ustnej.