Na pytanie zadane w tytule tego artykułu nie da się na chwilę obecną jednoznacznie odpowiedzieć, ponieważ doniesienia naukowe nie potwierdzają bezdyskusyjnie charakteru chlorheksydyny. Wydaje się, że odpowiedź zależy m.in. od tego, czy chlorheksydyna jest stosowana w jamie ustnej zdrowej, czy w przypadku choroby tego obszaru.

Chlorheksydyna jest wykorzystywana powszechnie do leczenia chorób obszaru oralnego pod postacią płynów do płukania jamy ustnej. O ile jednak jeszcze niedawno mówiono o niej jako o środku, który zabija bakterie, tak teraz raczej naukowcy skłaniają się ku twierdzeniu, że umożliwia ona zarządzanie ekosystemem drobnoustrojów jamy ustnej. Mikrobiom jamy ustnej należy bowiem traktować jak zintegrowany system, działający na wielu różnych poziomach i pełniący rozmaite role. Wyniki badań przeglądowych wskazują na to, że stosowanie chlorheksydyny u osób zdrowych niekoniecznie musi być dobrym rozwiązaniem, ponieważ może doprowadzać do ograniczenia nie tylko liczebności bakterii, ale również ich różnorodności, a to zdrowiu jamy ustnej nie musi służyć. Bezsprzecznie jednak chlorheksydyna w przypadku choroby okazuje się skutecznym dodatkiem do płynów do płukania jamy ustnej.