Śluzówka jamy ustnej z uwagi na niejednorodną budowę i różną grubość tworzącego ją nabłonka może być w różnym stopniu przenikalna dla leków podawanych drogą doustną – niezależnie od tego, czy aplikowane są one w postaci tabletek, żelu czy płynu.

Najlepiej leki przenikają przez błonę śluzową pokrywającą dno jamy ustnej w okolicy podjęzykowej i przez śluzówkę pokrywającą brzuszną powierzchnię języka. Z tego też powodu leki, które mają szybko dostać się do krwiobiegu, a mogą być aplikowane poprzez śluzówkę jamy ustnej, zaleca się przyjmować podjęzykowo.

Najsłabiej leki przenikają przez te obszary śluzówki jamy ustnej, której nabłonek ulega keratynizacji. Najsłabszą przenikalność notuje się na śluzówce dziąseł i podniebienia twardego.

W sytuacji, kiedy dochodzi do zmian chorobowych w jamie ustnej skutkujących utratą prawidłowej budowy śluzówki, będzie to miało wpływ na przenikalność leków. Leki zaaplikowane miejscowo w obszarze objętym zniszczeniem bariery przenikalności będą wówczas szybciej wchłaniane przez organizm. W sytuacji, kiedy lek ma zadziałać wewnętrznie, będzie to sytuacja korzystna, ale nie w przypadku, kiedy zadaniem leku będzie działać powierzchniowo i lokalnie.