Ozon jest trójatomową odmianą tlenu. Jego cząsteczki są niestabilne i przy kontakcie ze składnikami, które budują komórki bądź tkanki ulega rozpadowi na cząsteczkę tlenu i aktywny chemicznie wolny rodnik tlenowy. To właśnie zjawisko wykorzystuje się do niszczenia drobnoustrojów patogennych – także powodujących zakażenia w stomatologii.

Z badań wynika, że silne utleniające właściwości ozonu są kluczem do zrozumienia jego zdolności do niszczenia bakterii i wirusów. Kiedy bowiem cząsteczka ozonu poprzez przyciąganie elektrostatyczne wchodzi w kontakt z bakterią, uwolniony zostaje aktywny tlen, który uszkadza ścianę komórkową bakterii. Następnie dochodzi do utlenienia fosfolipidów, z których zbudowana jest błona komórkowa, Prowadzi to do zmian biochemicznych w błonie oraz hamuje aktywność enzymów i białek biorących udział w transporcie przezbłonowym. Ponadto uszkodzony zostaje materiał genetyczny w postaci DNA bakteryjnego, który niczym nieosłonięty pływa swobodnie w cytoplazmie.

W przypadku wirusów ozon niszczy otoczkę tego czynnika zakaźnego zbudowaną z nienasyconych kwasów tłuszczowych, a wolne rodniki ozonowe wynikają do wnętrza wirusa, doprowadzając do zahamowania aktywności znajdującego się tam materiału genetycznego. Z kolei u grzybów – patogenów jamy ustnej – ozon potrafi niszczyć ścianę komórkową, ponieważ brakuje w niej cholesterolu.