Szacuje się, że jamę ustną może kolonizować nawet około 1000 różnych gatunków/szczepów bakterii. Ogólną liczbę drobnoustrojów zasiedlających ten obszar ciała szacuje się na około 20 miliardów. Wiele z tych gatunków jest zdolnych do kolonizacji zarówno szkliwa i zębiny, jak i śluzówki jamy ustnej. Tworzą tam biofilmy, których skład jest bardzo zmienny.

U zdrowego gospodarza społeczność drobnoustrojów na ogół żyje w równowadze (homeostazie), a sama mikrobiota jamy ustnej pełni wiele korzystnych funkcji dla gospodarza. Może na przykład zapewniać odporność kolonizacyjną, czyli zapobiegać osiedlaniu się patogennych mikroorganizmów w jamie ustnej. Ponieważ jednak wiele czynników potrafi zakłócić tę kruchą równowagę, dość łatwo dochodzi do zaburzenia homeostazy mikrobiologicznej – pojawia się dysbioza. Ostatecznie prowadzi to do przeorganizowania gatunkowego mikrobioty jamy ustnej i rozwoju bakterii patogennych. W rezultacie pojawiają się choroby jamy ustnej, na przykład stany zapalne dziąseł czy próchnica.

Dwa najważniejsze elementy, które zakłócają równowagę mikrobiologiczną jamy ustnej, to niewłaściwa bądź zaniedbywana higiena tego obszaru, a także dieta bogata w węglowodany.