Wirus brodawczaka ludzkiego (HPV) reprezentowany jest przez ponad 150 typów wirusów. Część z nich stanowią serotypy silnie onkogenne, które mogą w znaczący sposób przyczyniać się do rozwoju nowotworu jamy ustnej, włącznie z rakiem tego obszaru. Udowodniono, że przetrwałe zakażenie silnie onkogennym typem wirusa brodawczaka ludzkiego może doprowadzić do rozwoju płaskonabłonkowego raka jamy ustnej. Co ciekawe, istnienie wysokiego ryzyka onkogennego nie jest równoznaczne z tym, że nowotwór bądź rak jamy ustnej się rozwiną. Niemniej jednak, w sprzyjających warunkach może rozpocząć się proces nowotworzenia, zapoczątkowany niewyleczonym zakażeniem HPV.

Nie wyjaśniono jeszcze mechanizmu rozwoju nowotworów na bazie zakażenia HPV, jednak odkrycia wskazują, że doprowadzić do tego może zainfekowanie silnie onkogennym typem wirusa wraz z nałogowym paleniem tytoniu. Palenie sprzyja również samemu zakażeniu wirusem HPV, ponieważ doprowadza do mikrouszkodzeń nabłonka jamy ustnej przez składniki dymu tytoniowego.