Procesy próchnicotwórcze mogą zostać zainicjowane przez florę bakteryjną znajdującą się na co dzień w jamie ustnej. W wyniku ich działania środowisko zmienia swoje właściwości chemiczne, co sprzyja kolonizacji jamy ustnej przez bakterie kwasotwórcze, takie jak paciorkowce (Streptococcus sp.) czy pałeczki kwasu mlekowego (Lactobacillus sp.).

Specjalistyczne badania dotyczące namnażania się populacji bakteryjnych w płytce nazębnej w trakcie rozwoju próchnicy wykazały, że różne gatunki mikroorganizmów uczestniczą w różnych stadiach rozwojowych zmian. Paciorkowce związane są ze wczesną demineralizacją szkliwa, zaś pałeczki kwasu mlekowego – z pogłębianiem się zmian w szkliwie.

Należy pamiętać, że bakterie próchnicotwórcze mają wyjątkową zdolność transportu cukru do wnętrza swoich komórek i szybkiej jego przemiany do produktów kwasowych, nawet w środowisku o niekorzystnym pH. Z tego powodu, aby dobrze jest wyeliminować z diety produkty zawierające dużo szkodliwych cukrów i zastąpić cukier słodzikiem.