O dysbiozie mówimy, kiedy dochodzi do zakłócenia istniejącej dotychczas równowagi mikrobiologicznej w danym obszarze ciała. Wskutek tego mogą nadmiernie rozrastać się populacje bakterii chorobotwórczych.

Uważa się, że dysbioza w jamie ustnej stoi u podstaw wielu chorób dotykających ten obszar ciała. Przykładem jest choćby zapalenie przyzębia, do którego powstania przyczynia się wzrost bakterii patogennych atakujących miękkie tkanki dziąseł, a następnie kości, takich jak Porphyromonas gingivalis. Szczep ten normalnie bytuje w biofilmie jamy ustnej, ale liczba tych bakterii jest mała. Innym przykładem zakłócenia równowagi mikrobiologicznej w jamie ustnej jest wzrost liczebności bakterii Streptococcus mutants, która jest najważniejszym czynnikiem powodującym próchnicę zębów.

Również osoby zmagające się z nieświeżym oddechem często są dotknięte dysbiozą w jamie ustnej, gdyż mają nadmiar bakterii wytwarzających lotne związki siarki w porównaniu do osób, które nie wymagają się z nieprzyjemnym zapachem z ust.