Jama ustna z uwagi na swoją skomplikowaną anatomię tworzy bardzo złożone i urozmaicone środowisko, w którym bakterie i inne mikroorganizmy znajdują idealne warunki do rozwoju. Wynika to z faktu, że wszystkie struktury jamy ustnej – śluzówka, zęby, dziąsła, język, a także ślina i płyn dziąsłowy oraz podlegający złuszczaniu nabłonek śluzówki jamy ustnej – doprowadzają do powstania środowiska o unikalnych właściwościach, które idealnie nadaje się do zasiedlania przez drobnoustroje. Wskutek tego jama ustna zaraz po jelitach uznawana jest za najbardziej skolonizowaną przez mikroorganizmy część ludzkiego ciała.

Szacuje się, że społeczność drobnoustrojów jamy ustnej obejmuje ponad 700 gatunków bakterii.

U zdrowego człowieka mikrobiom ten żyje w harmonii z gospodarzem. W sytuacji, kiedy rozwija się choroba, dotychczasowa równowaga mikrobiologiczna jamy ustnej zostaje zakłócona, prowadząc do powstania różnych nieprawidłowości w funkcjonowaniu tego obszaru.