Bakterie jamy ustnej wiąże się z chorobami obszaru oralnego, a także przewodu pokarmowego, szczególnie w odcinku jelitowym. Przykładem tego jest powiązanie obecności określonych bakterii z chorobą Leśniowskiego-Crohna.

Warto jednak pamiętać, że choroba Leśniowskiego-Crohna nie jest jedynym schorzeniem, w którego powstanie i rozwój zaangażowane są niektóre bakterie jamy ustnej. Wykazano bowiem, że u ponad 96% uczestników jednego z badań w obszarach mózgu związanych z procesami pamięciowymi wykryto dwie toksyczne substancje chemiczne wytwarzane przez bakterie jamy ustnej Porphyromonas gingivalis – wroga nr1 zdrowia dziąseł. Ponadto istnieje korelacja między występowaniem bakterii jamy ustnej Fusobakterium nukleatum i rakiem piersi. Udowodniono, że obecność tego drobnoustroju wiąże się z przyspieszonym wzrostem guza nowotworowego i rozprzestrzenianiem się komórek rakowych. Wiele badań potwierdziło również, że ta sama bakteria często występuje w przypadku innego nowotworu, a mianowicie w komórkach raka jelita grubego. Od dawna wiadomo też, że bakterie jamy ustnej mają znaczący wpływ na rozwój choroby układu krążenia, gdyż drobnoustroje te mogą przedostawać się do krwiobiegu i osiedlać w śródbłonku naczyń oraz w mięśniu sercowym, prowadząc do rozwoju stanów zapalnych i wspomagając tworzenie blaszek miażdżycowych.