Zespół pieczenia jamy ustnej charakteryzuje się triadą objawów klinicznych. Jest to ból lub pieczenie śluzówki jamy ustnej, które nie ustępują i trwają wiele miesięcy, a towarzyszą im zaburzenia smaku i suchość w jamie ustnej (kserostomia). Jednocześnie w badaniu klinicznym nie stwierdza się żadnych uchwytnych zmian w błonie śluzowej jamy ustnej, także w okolicy będącej źródłem odczuwanego dyskomfortu. Ból jest dość intensywny, a jego nasilenie może przypominać ból zęba. Jednak jest to ból inny niż ten, który powodowany jest przez chory ząb.

Najczęściej pieczenie w jamie ustnej notuje się w okolicy języka – głównie na jego końcu lub w przedniej części na górnej powierzchni. Zdecydowanie rzadziej objaw ten notowany jest na bocznych częściach języka i na jego powierzchni dolnej. Poza językiem nieprzyjemne symptomy mogą również być odczuwane w okolicach wargi, podniebienia, gardła, dna jamy ustnej, a także śluzówki policzków i obszaru pełniący funkcję podłoża protetycznego.