NGS – sekwencjonowanie nowej generacji, które wprowadzono w ostatnich latach szeroko do diagnostyki, stało się metodą z wyboru do taksonomicznego i funkcjonalnego charakteryzowania mikroflory jamy ustnej. Po raz pierwszy zostało ono zastosowane w 2012 roku do porównania mikroflory poddziąsłowej i podśluzówkowej z zapalenia przyzębia, zapalenia periimplantitis oraz zdrowych obszarów przyzębia i sąsiadujących z implantem.

Dzięki NGS udało się w sposób dotychczas nieosiągalny poprawić liczbę generowanych odczytów sekwencji, dzięki czemu znacznie poprawiło się diagnozowanie. Sekwencjonowanie nowej generacji zajmuje obecnie niekwestionowaną pozycję przy badaniach ekosystemów jamy ustnej, obejmujących ponad 700 gatunków bakterii, z których około 30% pozostało jeszcze nierozpoznanych.

Dotychczas identyfikacja bakterii opierała się najczęściej na sekwencjonowaniu krótkich amplifikacji genu 16S rRNA, którym następnie przypisuje się tożsamość taksonomiczną w porównaniu z bazami danych. Gen ten jest cennym elementem służącym ustalaniu taksonomii czynników powodujących zakażenie, ponieważ zawiera kombinacje wolno ewoluujących regionów wraz z dziewięcioma szybko ewoluującymi obszarami, które różnią się pomiędzy taksonami bakteryjnymi. Ta właśnie zmienność jest niezwykle przydatna do trafnego diagnozowania czynnika patogennego.

Obecnie uważa się, że profilowanie społeczności bakteryjnych oparte na analizie 16S rRNA umożliwia identyfikację gatunków bakterii z wysoką rozdzielczością nawet lepiej niż metody nowsze, np. typu shotgun.