Bakteria Helicobacter pylori może występować przejściowo w jamie ustnej, a w niektórych sytuacjach może stanowić zagrożenie dla tkanek tego obszaru, jak również żołądka. Konsekwencją zakażenia żołądka tym drobnoustrojem są wrzody. Wyniki badań, które dotyczą obecności tej bakterii w jamie ustnej, są jednak sprzeczne.

Na początku 2023 roku ukazała się praca naukowców z jednego z uniwersytetów w Indiach, z której wynika, że bakteria ta wykrywana jest aż u 70% dzieci z ciężkimi zmianami próchniczymi. Naukowcy twierdzą, że rezerwuarem dla H. pylori mogą być kawitowane zmiany próchnicowe. Odkryto, że obecność tego drobnoustroju wiązała się z wyższym stopniem zaawansowania próchnicy i ciężkości tej choroby. Badacze doszli do wniosku, że obecność bakterii Helicobacter pylori w opisanych ubytkach może przechylić równowagę ekosystemu płytki nazębnej na korzyść Streptococcus mutans, co jest bardzo niefortunne dla człowieka, gdyż drobnoustrój ten jest głównym bakteryjnym źródłem próchnicy.