W jamie ustnej bytują nie tylko bakterie, ale również inni przedstawiciele mikroflory, w tym wirusy. Należą one do różnych grup.

Przeważnie notuje się występowanie następujących wirusów:

• Herpes Simplex typ 1 i 2 – to najczęściej występujący w jamie ustnej wirus; powoduje opryszczkę; po zakażeniu pozostaje on całe życie w organizmie – w postaci utajonej, aktywując się w okresie obniżenia odporności, a także wskutek działania stresu lub promieniowania nadfioletowego;

• Papilloma – to grupa wirusów, które po zakażeniu organizmu doprowadzają do powstania brodawek; na ogół notowane są w przypadku nowotworu jamy ustnej lub przy zachorowaniu na AIDS;

• cytomegalowirus – notuje się go u większości ludzi w ślinie; powoduje chorobę zwaną cytomegalią;

• wirus Epsteina-Barr – znajdowany w ślinie u ponad 80% ludzi; najczęściej występuje w postaci uśpionej; zakażenie nim uodparnia na całe życie; u niektórych osób może wywoływać chorobę zwaną mononukleozą zakaźną lub doprowadzać do rozwoju nowotworu w jamie ustnej czy gardle;

• Hepatitis – wirusy powodujące zakażenia wątroby;

• HIV – wirus, który doprowadza do rozwoju AIDS.

W jamie ustnej wykrywane są też – przejściowo – wirusy chorób zakaźnych, takich jak np. odra czy świnka.