Do rozwoju mikroflory bakteryjnej w jamie ustnej dochodzi wraz z upływem czasu. Bakterie, które mogą powodować próchnicę, pojawiają się w jamie ustnej jako jedne z pierwszych – już u niemowląt.

Szacuje się, że w okresie dojrzałości człowieka w jednym mililitrze śliny bytuje około 20-400 milionów rozmaitych drobnoustrojów należących do kilkuset gatunków. Bakterie, które żyją w jamie ustnej, zasiedlają różne nisze. I tak:

• w okolicach ust i warg żyją głównie bakterie o kształcie ziarenkowców i pałeczki Gram+; im dalej od ust i warg, tym więcej bakterii Gram- w kształcie ziarenkowców;

• błonę śluzową policzków pokrywają najczęściej paciorkowce; przeciętnie na 1 komórkę nabłonka przypada tu 5 bakterii;

• na powierzchni języka żyje bardzo wiele bakterii – szacuje się, że około 100 sztuk tych drobnoustrojów przypada na jedną komórkę nabłonka, co oznacza, że na języku jest 20 razy więcej bakterii w porównaniu do liczby tych mikroorganizmów zasiedlających nabłonek policzkowy; najczęściej wykrywane są tutaj paciorkowce, bakterie beztlenowe i pałeczki – zarówno Gram+, jak i Gram-.