Język może być zakażany przez grzyby, bakterie lub wirusy, które atakują także inne tkanki jamy ustnej. Zakażenia języka powodują głównie grzyby z rodzaju Candida (rozwija się wskutek tego kandydoza) oraz wirusy. Najczęściej zakażenia dotykają osoby o upośledzonej odporności, ale zdarzają się również u ludzi całkowicie zdrowych, u których doszło do tymczasowego osłabienia sprawności układu immunologicznego.

Kandydozę rozpoznaje się po tym, że zmiany występują w całej jamie ustnej, a nie tylko na języku. Język jest natomiast pokryty białym grudkowatym nalotem, który może obejmować również podniebienie, gardło i przełyk. Kandydoza może doprowadzić do stanów zapalnych na języku i pojawienia się języka geograficznego. Zakażenie może powodować owrzodzenia, nadżerki, zajady, zaburzenia smaku w postaci jego wyostrzenia i silną bolesność.

Z kolei zakażenia wirusowe dotykające język mogą objawiać się najczęściej drobnymi pęcherzykami; niektóre z nich mogą pękać i tworzyć owrzodzenia. Mogą również doprowadzić do hiperanginy bądź nawracającego opryszczkowego zapalenia jamy ustnej. O zakażeniu wirusowym może również świadczyć szary nalot na języku.