W stomatologii nastawionej na profilaktykę i małą inwazyjność powszechnie wykorzystuje się preparaty zawierające jony fluoru. Mogą mieć one rozmaitą postać – żeli, pianek, płukanek, lakierów. Forma preparatu determinuje jego zastosowanie i właściwości.

Mimo niewątpliwych zalet preparatów fluorkowych (w postaci ograniczania demineralizacji zębów i ułatwiania ich remineralizacji), środki te należy stosować z rozwagą, aby nie zadziałały na niekorzyść środowiska jamy ustnej. Bo wprawdzie potwierdzono, że żele z fluorem pomagają zmniejszać ryzyko wystąpienia zmian próchniczych u pacjentów ortodontycznych, ale też wykazano ostatnio, że stosowanie tych preparatów może niekorzystnie wpływać na właściwości mechaniczne drutów ortodontycznych. Wymusza to rozsądne stosowanie tych produktów w profilaktyce próchnicy podczas leczenia wad zgryzu. Wykazano też, że żele z fluorem mogą wpływać na strukturę uzupełnień, np. glasjonomerowych, w zależności od pH i formy włączonego fluoru.