Mikrobiom jamy ustnej formuje się od momentu urodzenia do wieku dorosłego. Udowodniono, że wczesne etapy kolonizowania jamy ustnej przez drobnoustroje są silnie modelowane przez kontakt noworodka z matką, a także przez sposób, w jaki dziecko przyszło na świat – drogą naturalną czy przez cesarskie cięcie. Dzieci urodzone drogą naturalną mają bowiem inny skład mikrobiomu jamy ustnej w porównaniu do dzieci, które przyszły na świat wskutek cesarskiego cięcia. Różnica ta jest widoczna nawet do trzeciego miesiąca życia dziecka. Zauważono też, że niemowlęta urodzone przez cesarskie cięcie charakteryzują się większą różnorodnością mikrobiomu bakteryjnego w wieku 12 miesięcy w porównaniu do dzieci urodzonych drogą naturalną.

Na skład mikrobiomu jamy ustnej niemowlęcia ma również wpływ sposób karmienia. U trzymiesięcznych dzieci zaobserwowano znacznie wyższy odsetek pałeczek kwasu mlekowego, jeśli były karmione piersią, w porównaniu z niemowlętami karmionymi wyłącznie z wykorzystaniem mieszanek mlecznych. U dzieci, które nie były karmione piersią, aż do ukończenia przez nie 12. miesiąca życia znajdujący się w ich jamach ustnych mikrobiom cechuje się z kolei większą różnorodnością gatunkową bakterii.