Mikrobiom jamy ustnej to zbiorowość mikroorganizmów, które występują w różnych częściach jamy ustnej, w tym na języku, zębach, dziąsłach, podniebieniu i migdałkach. To bardzo urozmaicona społeczność grzybów, archeonów, bakterii, pierwotniaków, z których część jest niezbędna dla naszego zdrowia, a część stanowią gatunki patogenne. Te drugie mogą doprowadzać między innymi do próchnicy zębów.

Mikrobiom jamy ustnej powstaje jeszcze przed urodzeniem – jamę ustną zaczynają kolonizować wtedy pierwsze bakterie, Staphylococcus epidermis. Jednak zanim dziecko skończy miesiąc, szczep ten prawie zanika, a w jamie ustnej niemowlęcia pojawiają się bardzo dynamicznie nowe gatunki drobnoustrojów.

Zauważono, że w okresie niemowlęcym skład mikrobiomu jest dość niestabilny, ponieważ w tym czasie dziecku wyrzynają się zęby, wprowadzane są też nowe i różnorodne pokarmy. Społeczność drobnoustrojów staje się jednak coraz bardziej zróżnicowana i złożona w miarę rozwoju dziecka, a z czasem coraz bardziej upodabnia się do składu mikrobiomu jamy ustnej matki bądź opiekuna. Stabilizuje się, kiedy dziecko ma około 4 lat, ale nadal się zmienia i w późniejszym życiu dojrzewa do mikrobiomu podobnego u osób dorosłych.

Na skład mikrobiomu jamy ustnej małego dziecka i na to, czy będzie ono miało zdrowe zęby, wpływ mają między innymi różne składniki mleka matki, ale też i ilość cukru, jaka znajduje się w diecie dziecka niekarmionego piersią.