Przyczyn przebarwień jest wiele. U dzieci są to najczęściej:

• Choroba hemolityczna noworodków (wywołana konfliktem serologicznym matki i dziecka) lub żółtaczka poporodowa - często powodują one zmianę koloru zębów na żółty, niebieski, szary, brązowy lub nawet czarny. Przebarwienia te występują najczęściej na brzegach siekaczy.

• Porfiria wrodzona - jest przyczyną przebarwień o kolorze różowym, ciemnoczerwonym lub brązowym.

• Melanodoncja (przez niektórych badaczy uważana za próchnicę) - choroba ta jest przyczyną powstawania ciemnych plam, które mogą doprowadzić do całkowitego uszkodzenia korony. Przeważnie pojawiają się one na siekaczach i kłach mlecznych Rzadko – na zębach stałych; są to wtedy brązowe lub czarne plamy.

• Fluoroza (zatrucie fluorem) - picie wody o wysokiej zawartości fluoru powoduje białe lub brunatne plamki na szkliwie, których wielkość może być różna (tzw. szkliwo plamkowe).

• Antybiotyki tetracyklinowe - wywołują przebarwienia w uzębieniu mlecznym wtedy, gdy są przyjmowane przez kobiety w ciąży lub przez dzieci poniżej 7. roku życia. Zmiany mają kolor żółty, brunatny lub czerwonawy. Najintensywniejsze są w okolicach szyjek zębów, na siekaczach i pierwszych trzonowcach. Na ich intensywność ma wpływ dawka leku, czas jego przyjmowania i etap rozwoju zębów. Trudno je usunąć.

• Leki i materiały lecznicze stosowane podczas leczenia - wywołują one żółte, czerwone, brunatne, szare lub czarne przebarwienia.

• Bakterie - powodują powstawanie czarnego nalotu nazębnego, podobnego do płytki nazębnej. Pojawia się on głównie na zębach mlecznych, przy dziąsłach. Osad ten nie powoduje próchnicy ani chorób przyzębia. Można go usunąć za pomocą specjalnego czyszczenia zębów.